Es hat nie an Bemühungen gefehlt, eine Gliederung des Pflanzenreichs zu etablieren. In der Tat gibt es einige klar umrissene Gruppen wie die Algen, Farne, Moose und die Blütenpflanzen. Letztere lassen sich ebenso klar in Gymnospermae und Angiospermae (Nackt- und Bedecktsamer) untergliedern. Wie lassen sich die genannten Gruppen aber einander zuordnen? Es gibt die Untergliederung in Kryptogamen (blütenlose Pflanzen) und Phanerogamen (Blütenpflanzen), das ist problemlos. Daneben gibt es eine Untergliederung aufgrund der Architektur des Vegetationskörpers: Thallophyten und Kormophyten. Die Gruppe der Thallophyten umfaßt - keine Frage - die Algen, dann aber auch die Pilze und Flechten und die Lebermoose? Zu den Kormophyten, deren Vegetationskörper in Sproß und Wurzel (oder Rhizoid) differenziert ist, rechnet man die Farne (Pteridophyta) und die Blüten- oder Samenpflanzen (Phanerogamen oder Spermatophyta).
Was ist eine Abteilung, was ist eine Klasse? Die Gruppe der Algen - im systematischen Sinne - gibt es gar nicht, denn einige der großen Algengruppen (Klassen? Abteilungen?) wie Rotalgen (Rhodophyta), Grünalgen (Chlorophyta), oder Braunalgen (Phaeophyta) sind nicht auf einen gemeinsamen Vorfahr zurückzuführen, die Blaualgen (Cyanophyta oder Cyanobacteria) gehören sowieso zu den Prokaryoten. Die Farne und farnähnlichen Pflanzen (Pteridophyta) hingegen sind eine relativ homogene Gruppe, die man als Abteilung einstufen dürfte.
Über die Moose ist das letzte Wort noch nicht gesprochen. Ob man die beiden bekannten Untergruppen Laub- und Lebermoose (neben zwei bis drei anderen Gruppen) als gleichwertige Taxa nebeneinander stehen lassen darf, wird die Zukunft erweisen.
Angiospermae und Gymnospermae wurden zu Beginn des Jahrhunderts als Klassen geführt, derzeit wird darüber diskutiert, ob sie als Unterabteilungen oder sogar Abteilungen einzustufen sind. Die Gymnospermen sind bestimmt kein einheitliches (= monophyletisches) Taxon, sie enthalten mindestens zwei Gruppen; die Angiospermen hingegen sind es. Der Kompromiß: Unterabteilung für die beiden Gymnospermengruppen (Coniferophytina und Cycadinophytina) und die entsprechende Bezeichnung für die Angiospermen (Magnoliophytina), scheint im Augenblick wohl die beste Lösung zu sein. Die übergeordnete Abteilung wäre dann Spermatophyta (Samenpflanzen).
Es ist schon oft versucht worden, die Phylogenie der einzelnen Taxa der Landpflanzen in einem phylogenetischen Schema unterzubringen. 1984 stellte S. MEYEN ein Modell vor. Die Kritik ließ aber nicht lange auf sich warten. Die Paläobotaniker C. B. BECK und C. N. MILLER setzen sich 1985 mit diesem Vorschlag auseinander. Beide kamen unabhängig zu dem Schluß, daß das vorliegende Beweismaterial auch in anderer Weise bewertet werden kann und daß alternative phylogenetische Schemata denkbar sind, die aber weder besser noch schlechter als das dargestellte sind.
Doch auch diese Fragen haben sich inzwischen weitgehend erledigt, seitdem umfangreiche Analsen von Nukleotidsequenzen verschiedener Gene vorliegen. Mehr dazu siehe vorangegangenen Abschnitt
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